من المهم أن نتذكر أن الإسكندرية في عهد كليوباترا كانت مدينة يسودها السخط وتعج بالمشكلات وتعاني من الاحتلال تُظهر الإشارات إلى السنوات الأولى في حكمها المشترك مع بطليموس الثالث عشر أن الحرائق التي كان الرومان يشعلونها من أجل إعادة السيطرة على المدينة دمرت جزءًا كبيرًا من المنطقة التي كانت تشكّل وسط المدينة. دمرت هذه الحرائق كذلك مكتبة الإسكندرية الشهيرة كانت المدينة في وقت من الأوقات موقع جذب للعلماء من كافة أنحاء العالم الإغريقي، وفي أوائل فترة حكم البطالمة حظي كثير من الشعراء وكتاب المسرحيات والعلماء والفلاسفة وعلماء الرياضيات المشاهير برعاية الأسرة الحاكمة البطلمية كجزء من الموسيون. ولت هذه الأيام قبل سنوات طويلة من حكم بطليموس الثاني عشر وكليوباترا السابعة. ومع ذلك، يوجد بعض الأدلة على حدوث نهضة في أثناء السنوات الأخيرة من عهد البطالمة، ربما حثت أنطونيو على تعويض محتويات المكتبة المدمرة من خلال إهداء كليوباترا مخطوطات مكتبة مدينة بيرجامون التي توجد حاليا في تركيا الحديثة، والتي كانت إحدى المكتبات المنافسة لمكتبة الإسكندرية في وقت ما (بلوتارخ (حياة أنطونيو» 58 فريزر :1972: المجلد الأول، 335 والمجلد الثاني، 494 رقم 299) . كان الموسيون لا يزال مركزا للفلاسفة في أثناء السنوات الأخيرة من حكم البطالمة، وللباحثين أمثال يودوروس الذي كتب تعليقات على أعمال الفلاسفة الأوائل (فريزر 1972: المجلد الأول، 334-335). وكتب آخرون مثل بوتامون السكندري وأنيسيديموس من كنوسوس عن مفاهيم فلسفية جديدة وطرحوا بعضًا منها (شوفو 2000: 174). وعلى عكس الفترات المبكرة التي كان فيها العلماء تحت سيطرة البيت الملكي، بدا أن الأكاديميين في الإسكندرية في عهد كليوباترا لم يكن لديهم أي التزام تجاه حكامهم (شوفو 2000: 175) رافق أيضًا الفيلسوف السكندري ديون، الذي لعب دورًا مهما في نفي بطليموس الثاني عشر، كليوباترا إلى روما وأصبح معلم أوكتافيان. لم يعد ديون إلى مصر إلا عقب هزيمة كليوباترا ويُقال إنه حث تلميذه السابق على إعدام بطليموس قيصر. كذلك غيرآخرون مثل فيلوستراتوس، الذي كان أحد مستشاري كليوباترا، ولاءهم عقب وفاتها ( شوفو :2000: 175).