تسمح معرفة المدى والأطوار بوضع خريطة لكثافة الإلكترونات

هناك ثلاثة معالم تميز كل حزمة متعرجة وهي المدى (Amplitude) والطول الموجي (Wavelength) والطور (Phase)، والأخير هو الوحيد الذي يكون مجهولا. ويقوم حل مشكلة الطور عموماً على استبدال متشاكل متعدد Multiple) (isomorphous replacement بحيث يدخل معدن ثقيل أو بين أخر مميز سلفا إما بالتبلور المتزامن (Co-crystallization) أو بالانتشار في البلورة الموجودة نحلل بعد ذلك التغيرات في نموذج الانعراج لتحديد الأطوار بعمليات رياضية تشمل وضع خرائط باترسون (Patterson maps). وتستخدم الأطوار والمدى لحساب خريطة كثافة الإلكترونات للوحدة المتكررة من البلورة.

وتمثل خرائط كثافة الإلكترونات سلسلة من المقاطع المتوازية عبر البروتين ممثل فيها خطوط الكفاف (Contour lines) القريبة من بعضها بعضاً مناطق التغير الكبير في كثافة الإلكترونات. وتماثل خرائط كثافة الإلكترونات الخرائط الطبغرافية التي ممثل فيها خطوط الكفاف القريبة بعضها من بعض مناطق يتغير فيها الارتفاع بشكل حاد. ولقد استخدمت مخزونات. خرائط كثافة الإلكترونات المرسومة على مادة شفافة لتقليد خريطة كثافة الإلكترونات ثلاثية الأبعاد التي أنشئ منها اجتهاداً النموذج الفيزيائي للسلسلة الرئيسية من البروتين بشكل اجتهادي. ولكن التحليل البنيوي المعاصر يستخدم الحواسيب التي تعرض خرائط كثافة الإلكترونات بكفاف ثلاثي الأبعاد بحيث يعكن مطابقتها بالعين مع البنية الأولية المعروفة للبروتين (الشكل 6-12)

شكل 6-12 : تمثيل لكيفية تطابق بنية أولية معروفة مع نموذج الكثافة الإلكترونية. وتلاحظ الكثافة الإلكترونية للطاق بيتا من النصف الانتهائي الأميني للـ RbsA، وهو الشريط الرابط للآتب (ATP) للناقلة ABC للريبوز من الإشريكية القولونية.