لقد كان من الطبيعي أن يخلف علي باشا في الباشوية المملوك الغالب وهو عمر اغا قائد الثورة الناجحة وقد اجتمع علماء بغداد واعيانها وكتبوا عريضة إلى السلطان متهمين الوالي القتيل بشتى التهم، ومرشحين عمر لولاية بغداد، فجاءت موافقة السلطان على اسناد الباشوية اليه. وهكذا اقتدى مماليك بغداد بمماليك القاهرة بخلق المشاكل لمن لا يرغبون فيه من الولاة للاستيلاء على كرسي الحكم. تولى عمر باشا الحكم في ربيع 1764 وشهد عهده احداثا جساما كان اولها ثورات عشائر الخزاعل والمنتفك والعبيد، ثم الطاعون الذي وفد من اسطنبول الى مدن العراق وداهم بغداد عام 1772 واخذ يسرى إلى سائر انحاء العراق، وقد فتك بالسكان فتكا ذريعا وقيل انه قضى على نخبة ممتازة من ذوي الخبرة وقادة الرأي لاسيما اولئك الذين لهم المام واطلاع في تمشية الادارة والحكم، وقد حل محلهم مجاميع من العرب والاكراد من الذين لا خبرة لهم ولا دراية مما زاد من سوء الأوضاع. وجاء عام 1774 لتشهد اضطراب الحالة في كردستان وتدخل كريم خان الزند العسكري في العراق في وقت كانت فيه الدولة العثمانية في ختام حربها مع روسيا التي انتهت بمعاهدة كوجك كينارجي. وقد تمكن الايرانيون في عام 1773 من فرض حصار على البصرة الأمر الذي جعل السلطان يلتفت إلى العراق وكان قد خرج منذ وقت قليل من حربه الخاسرة مع قيصرة روسيا كاترين الثانية)، وقد كان الاعتقاد في الاستانة في بداية الامر أن السبب الاكبر في هذا النزاع مع ايران هو عمر باشا لذا فان ابعاده قد يهدأ الحالة في كردستان وفي ،البصرة وكان قد ورد للدولة العثمانية اتهامه بالتعرض للزوار الايرانيين، ومما عزز هذا الاعتقاد ارسال كريم خان الزند سفيرا الى السلطان يشكو من سياسة عمر باشا، وفي الوقت نفسه راح الجميع في الاستانة يفكر في التخلص من حكم المماليك في العراق، غير أن ذلك ليس بالأمر الهين إذ قد تندلع ثورة المماليك في بغداد. لذا فقد عين مصطفى باشا الاسبيناقجي، والي، الرقة لقيادة حملة إلى العراق، وقد وصل إلى بغداد وبصحبته والي ديار بكر عبد الله باشا الطويل ووالي كركوك سليمان الجليل، وعبدي باشا، واتخذوا لهم مقرا خارج المدينة. وقد اعتقد عمر باشا أن هذه القوة إنما جاءته عونا لدحر الاعداء وفك الحصار عن البصرة، لذا طلب من القادة التحرك لإنقاذ البصرة، إلا انهم اعتذروا بحجج مختلفة، منها ان القادة العثمانيين اشاعوا ان معاهدة صلح قد وقعت بين السلطان العثماني و شاه ايران كريم خان الزند و اخيرا كشفوا له عن الحقيقة واخبروه بانهم يحملون امرا بتعيين الاسبيناقجي لبغداد وبتحويله إلى ديار بكر ، فامتثل عمر الامر وترك المدينة ونصب خيامه في (المنطقة) في الجانب الغربي من بغداد استعدادا للسفر ولكن سرعان ما امر مصطفى باشا بهجوم فجائي على مخيمه ليلا، وقد حاول عمر باشا الهروب نحو الكاظمية، ولكنه اثناء هذه المحاولة سقط عن فرسه والتوت رقبته ثم عثر عليه احد الجنود وقطع راسه وذهب به إلى الاسبيناقجي فأرسله هذا بدوره إلى الاستانة. وقد ادعى مصطفى باشا أن الهجوم الذي شن على مخيم عمر كان بسبب البلبلة والاضطرابات التي حدثت في بغداد بإيعاز منه بعد عزله، وان اقامته في الجانب الغربي كان يقصد منها التمرد والعصيان، ثم اصدر مصطفى باشا امرا يقضي بمصادرة اموال الباشا القتيل وكذلك امر بجباية الاموال من الاغنياء زاعما انها من اجل انقاذ البصرة، وفي الوقت نفسه اخذ يضيق على المماليك الذين ادركوا نياته وعلموا بالتعليمات التي تزود بها، لذا فقد اخذوا يتسللون من بغداد تدريجيا والتفوا حول الكتخذا عبد الله اغا، واخذوا يهددون بغداد ويشنون الغارة على اطرافها وتمكنوا من احتلال بعض المواقع، وقد اصبح خطر المماليك يهدد بغداد بالسقوط. لقد كان الباب العالي كما ذكرنا يرمي من تعيين مصطفى باشا إلى القضاء على نفوذ المماليك في العراق إلا أن الله قد خاب فقد فشل الوالي الجديد في تصريف سياسة العراق منذ تعيينه، فلم يكن لهذا الوالي أي المام بأحوال الولايات العراقية، كما لم تكن له المقدرة التي تؤهله لإدارتها، وقد استولت عليه الانانية المفرطة فانصرف الى مصالحه الخاصة ومنافعه الشخصية، وفي الوقت الذي تزايد فيه خطر الايرانيين على البلاد في ظل حصارهم لمدينة البصرة، يظهر ان مصطفى باشا لم يعمل بشكل جاد لفك الحصار عن البصرة، الى درجة اتهم من قبل البعض بانه كان على اتفاق سري مع الايرانيين وان كنا لا نعرف صدق هذا الاتهام من عدمه ، ولكن مصطفى باشا بكل الاحوال قد كتب الى متسلم البصرة يخبره ان المساعدة المرتقبة اليه من قبل العثمانيين ستأتي في وقت متأخر، ويخيره اما ان يتصالح مع كريم خان الزند، أو يسلم المدينة الى الايرانيين، كما اصدر الاسبيناقجي مرسوما يقضي بوجوب ترخيص للقوات والضباط والامراء الذين كانوا تحت ادارته واعادتهم الى الأماكن والمحلات التي جلبهم منها، كل ذلك خشية من ان يراقبوا ويطلعوا على سوء ادارته وتصرفاته، ومن اجل ان يبرر تصرفه للباب العالي كتب اليه يعلمه بانه لم يعد بحاجة الى هذه القوات لان الايرانيين قد انسحبوا من الحدود ومن البصرة وما حولها وان الأمور عادت الى مجاريها الطبيعية، وكان هذا خلافا للواقع. وسرعان ما سقطت البصرة بيد الجيش الايراني، وازاء ذلك صدر الأمر بعزل مصطفى من ولاية بغداد وتعيين والي كوتاهية عبدي باشا خلفا له، ولم يبد مصطفى اية مقاومة، بل هرب إلى الموصل ومنها إلى ديار بكر وهناك وردت الاوامر المستعجلة بتوقيفه ثم نفذ به حكم الاعدام، وكانت مدة توليه الحكم في بغداد ثمانية أشهر أو تسعة. ولما حضر عبدي باشا إلى بغداد وجد الحالة سيئة جدا، فقد تعاظم امر عبد الله اغا وأصبح مسيطرا على اواسط العراق جميعا، وازاء هذا الوضع المتدهور وجد الباب العالي نفسه امام الامر الواقع مرة اخرى فقد عجز ولاة الذين ارسلتهم الدولة العثمانية عن حكم العراق وانقاذه، لهذا تخلى عن فكرة القضاء على الحكم المملوكي في العراق، وصدر الفرمان بإسناد باشوية بغداد إلى عبد الله اغا وتعيين حسن اغا حاكم ماردين وكتخذا أبي ليلة السابق، واليا على كركوك، مع توجيه رتبة الباشا اليه. وقد كان والي طرابزون قد انتقد في تقريره الذي كتبه عام 1776 وسماه تاريخ جديد) أو (بادكار تاريخ) ما كنت تفكر به الدولة العثمانية تجاه مماليك العراق من محاولة ابعادهم عن الحكم واحلال الاتراك محلهم، فهو يرى أن خطورة الاوضاع التي يعيشها العراق تتطلب حشد كل الطاقات العثمانية والمملوكية، فهناك جيش أجنبي يحتل البصرة، وهناك ثورات عشائرية عربية وكردية. تميز عهد عبد الله باشا (1776-1778) بالضعف، ولم يكن لديه المعرفة والقدرة على حكم بغداد حتى انه وصف من قبل بعض المؤرخين بالأبله، وكان عبد الله باشا قد عين عجم محمد خزنة دار، وهو محمد بك الايراني الاصل الذي عرفه البغداديون باسم عجم محمد، وقد جاء الى بغداد من ايران ايام حكم والي بغداد سليمان باشا ابي ليلة (1762-1750) تصحبه أمه واختاه فألفوا جوقا موسيقيا، اذ كانت اختاه ترقصان، وامه تنقر الدف وهو يغني ، واستطاع ان يؤثر على بعض ضعاف النفوس في حكومة بغداد فعين دويدارا (اي حامل الدواة) في عهد الوالي عمر باشا (1764-1775)، ثم تزايد نفوذه في عهد الولاة الذين جاءوا من بعده، فارتقى مناصب عدة، حتى وصل منصب الخزنة دار) وصار يطمح المنصب الباشوية، وتمكن عجم محمد بنفوذه ومركزه في الحكومة من توجيه سياسة ولاية بغداد. وقد اتبع سياسة مالية سيئة اتسمت بالتعسف الى حد اجبرت الكثير من التجار الى الهروب من بغداد والحقيقة ان السيطرة الفعلية على الادارة في بغداد كانت بيد عجم محمد، وبعد وفاة عبد الله باشا اندلعت حرب اهلية بين الطامعين بالولاية دامت خمسة أشهر تنافس خلالها عجم محمد الذي اسند اليه الوالي عبد الله باشا امور الولاية في اثناء مرضه، واسماعيل اغا الكتخذا السابق الذي عزله عجم. محمد وانتهى الأمر بتعيين ) العثماني حسن باشا والي كركوك ولكن حكم الوالي الجديد لم يكن افضل من سابقيه فقد استمرت الصراعات مع الطامعين بولاية بغداد لاسيما عجم محمد وفي البصرة كان سليمان اغا يرقب احداث بغداد المضطربة بعين اليقظة نتيجة المصائب والويلات التي تعاني منها المدينة بسبب هجمات انصار محمد عجم وحليفه احمد اغا قائد اللاوند المتكررة والتي اقتربوا في احداها من الاعظمية ، وكانوا قد عادوا مرة اخرى على مسرح الاحداث، متخذين من بعقوبة ونواحيها مركزا لتجمعهم، وقد ازداد هياج الاهالي ووضعوا المتاريس في الشوارع وارتاع الوالي خوفا على حياته، وفي 27 تشرين الأول عام 1779 شن الاهالي هجوما على السراي، فهرب الوالي إلى جانب الكرخ ، ومنه إلى الموصل، وهناك تلقى خبر نقله إلى ديار بكر فغادر إليها، وعند وصوله الم به مرض توفي على اثره، وبذلك شغرت باشوية بغداد. وقد انتهز سليمان اغا هذه الفرصة وكان قد كاتب السلطان مزينا له اسناد ولاية بغداد اليه متعهدا بقطع دابر الفتنة وتوطيد الامن.