ان المعلومات المتوفرة عن الطوائف الدينية في العراق في العهد العثماني ليست بالكثيرة، مما شكل صعوبة في تتبع احوال هذه الطوائف اثناء ذلك العهد. شكل المسيحيون طائفة مهمة من سكان العراق، ومع ذلك لا نعرف الكثير عنهم في العهد العثماني، ونعرف ان لهم عدة كنائس هي:

1. كنيسة الأرمن الأرثوذكس.

2. كنيسة النساطرة الكلدان

3. كنيسة السريان الارثوذكس.

4. كنيسة السريان الكاثوليك.

.5 كنيسة الأرمن الكاثوليك

كان على افراد الطوائف الدينية ومنهم المسيحيين يؤدون الجزية الى السلطات العثمانية، وكان جباة الجمرك والخراج مسئولين على جباية هذه الجزي. ويبدو ان ذلك لم يكن يخص مسيحي بغداد انما كافة المسيحيين في العراق، فالمسيحيين القاطنين في كردستان كانوا يؤدون الجزية للسلطات العثمانية، اذ كانت تفرض عليهم ضريبة سنوية، فضلا عن الهدايا واعمال السخرة. وتشير المصادر الى تواجدهم في مدن عراقية عديدة، ونعرف انهم كانوا يعيشون في قرية عينكاوة القريبة من اربيل، وكان اغلبهم من السريان من اتباع الكنيسة الكاثوليكية، وفي قرية كرمليس التي كان سكانها من الكلدان الكاثوليك يتكلمون اللغة الكلدانية (الآرامية). كما عاشوا في زاخو، وكان للكلدان في زاخو كنيسة، فضلا عن كونهم يعيشون في بغداد البصرة، والموصل وغيرها من المدن. وكان أكبر تواجد للمسيحيين في ولاية الموصل، وكانت القرى الواقعة شمال المدينة يسكنها المسيحيين من النساطرة واليعاقبة، وهم يعملون في الزراعة. وكانت مدينة تكريت على المستوى الديني من الولايات الخاضعة لسلطة البطريرك اليعقوبي، الذي يقيم فيها عادة. وقد حصل المسيحيين في مدينة البصرة في ظل حكم افراسياب على حرية واسعة، مع ذلك لم يمنع بعض الاحيان ان تتعرض بيوت المسيحيين للنهب من قبل الإنكشارية. وفي بغداد تواجد هناك الأرمن والكلدان والسريان واليعاقبة، وكانت طائفة الارمن يشكلون الشطر الأكبر من المسيحيين الشرقيين، وكان اغلبهم قد نزحوا الى العراق من إيران وذلك بسبب اضطراب الأوضاع فيها. ويظهر ان البعثات التبشيرية الكرملية الى بغداد قد تمكنت ادخال عدد كبير من مسيحي العراق الى مذهبهم حتى انهم تمكنوا من ان يحملوا النساطرة المسيحيين الاصليين لهذا البلد والمسيحيين المتدينين على ترك كنائسهم. اذ كانت من واجبات المبشرين في بغداد هو دعوة المسيحيين الشرقيين لمبايعة البابا في الفاتيكان. وعادة ما كانت الحروب بين الدولة العثمانية والايرانية تدمر القرى المسيحية كما حدث عندما هاجم نادر شاه العراق فانه الحق ضررا كبيرا بقرية كرمليس المسيحية. فضلا عن ذلك قد تنشب في بعض الاحيان النزاعات بين الطوائف المسيحية على الامور العقائدية. وقد عمل المسيحيون في العراق في حرفة الصياغة وحرف يدوية اخرى، كما عملوا بالتجارة. وهم لا يختلف كثيرا عن اوضاع باقي الشعب العراقي فالغالبية العظمى منهم لا يعرفون القراءة والكتابة. اما اليهود فقد عاشوا في المدن العراقية المختلفة وكانت بغداد من أكثر المدن تجمعا لليهود، وقد تسنم اليهود عدة وظائف ادارية في المؤسسات العثمانية مثل دوائر الجمرك كما امتهنوا التجارة والحرف المختلفة، وكانت لهم في بغداد احياءهم الخاصة بهم، وكانت المدن التي تشتمل على اعداد لا بأس منهم. سكن اليزيدية في جبال سنجار، وهم من أصل كردي، ويقسمون الى ثلاثة عشائر وهي سورفان، وروسان وخالتلي، ويعمل القسم الأول منهم بالزراعة، اما الباقين فكما يشير بعض الرحالة كانوا قطاعا للطرق. ولم تكن علاقتهم بالسلطة العثمانية جيدة وشن العديد من ولاة بغداد حملات عسكرية ضد قراهم وهم تابعين اداريا لولاية الموصل، واغلب اليزيدية ولا يقرأون أو يكتبون. اما الصابئة فيقطنون على ضفاف دجلة والفرات في جنوب العراق، اذ استوطنوا العمارة والبصرة، ويعملون عادة بالصياغة وحرف اخرى، وكان أمهر الحرفيين منهم يعملون في سوق الشيوخ، كما امتهنوا ايضا حرفة لحم الاواني المنزلية المختلفة المصنوعة من النحاس والحديد.