ولما بعث الحجاج عبد الرحمن بن الأشعث إلى سجستان لقتال الثائرين هناك جهز عشرين ألفًا من البصرة ومثلهم من الكوفة، وسيرهم معه إلى سجستان. فلما صالح ابن الأشعث الثائرين عزله الحجاج، فاتفق ابن الأشعث مع رؤساء جيشه على الخروج على الحجاج، فعادوا من سجستان، فلما كانوا في فارس خلعوا عبد الملك بن مروان، وبايعوا ابن الأشعث، فسار بهم إلى العراق قاصدًا قتال الحجاج ونفيه من البلاد، وبلغ ذلك الحجاج، فكتب إلى عبد الملك يخبره ويسأله أن يوجه إليه الجنود من الشام، فبادر عبد الملك بإرسال الجنود، والحجاج مقيم بالبصرة، وبعد قليل وصل ابن الأشعث العراق، فالتقى جيشه بجيش الحجاج في «تستر»، فانكسرت مقدمة الحجاج وجاءته الهزيمة، فرجع ونزل الزاوية، وجاءت جيوش ابن الأشعث حتى نزلت البصرة، فبايعه أهلها، وكان دخوله فيها في آخر ذي الحجة سنة 81ﻫ.

وعلى إثر ذلك جمع الحجاج جيشه، وجاءته الإمدادات من سورية، فتقابل الجيشان بالزاوية، فانكسرت جيوش ابن الأشعث، فاضطر إلى الخروج من البصرة، فخرج منها وسار إلى الكوفة. أما الحجاج: فإنه ولى على البصرة أميرها السابق الحكم بن أيوب الثقفي، وسار هو بجيوشه في إثر ابن الأشعث، وبعد حروب استمرت مدة طويلة انتصر الحجاج انتصارًا نهائيًّا في جمادى الآخرة سنة 83ﻫ، وفر ابن الأشعث إلى سجستان، وهناك مات منتحرًا.

وفي أيامه في سنة 80ﻫ حدث بالبصرة طاعون، فمات به خلق كثير، وفر منه عدد كبير من البصريين، وتفرقوا في البلاد.

ولما مات عبد الملك بن مروان في سنة 86ﻫ الموافقة لسنة 705م وتولى ابنه الوليد؛ أقر الحجاج على العراق وخراسان والشرق كله، وفي سنة 87ﻫ ولى الحجاج البصرة الجراح بن عبد الله العكي، ثم مات الحجاج في سنة 95ﻫ الموافقة لسنة 713م بمدينة واسط التي بناها في سنة 81ﻫ، بعد أن حكم العراق زهاء عشرين سنة.