تطبيقات تقنية مصفوفة الـ DNA  

وتشمل هذه التطبيقات المجالات الاتية :

1. دراسة التغايرات في مستوى التعبير الجيني خلال النمو والتطور .

2. دراسة فقدان تباين الزيجة Heterozygosity في الخلايا الورمية مقابل الخلايا السليمة .

3. تهجين الجينوم " الموروث " genome المقارن بين الانواع الحية شديدة القرابة .

4. دراسة التغايرات في مستوى التعبير الجيني  gene expression في الكائنات الحية المجهولة المرضية كاستجابة للمعالجة بمضادات الحيوية .

5. دراسة التغايرات في مستويات التعبير الجيني في خلايا المزارع النسيجية البشرية human tissue culture cells كاستجابة للاخماج البكتيرية والفايروسية tissue culture cells infections 

6. دراسة التداخلات بين البروتين / البروتين وبين RNA / DNA / البروتين .

7. تحليل تعدد الاشكال لنيوكليوتيد مفرد single nucleotide polymorphisms "SNPs" .

8. توصيف التعبير الجيني في الكائنات الحية التي لا يزال تعاقبها الجينومي غير محدد او غير معروف .

9. رسم خرائط التداخل البروتيني .

- المستضد / المضاد

- تداخلات للحقل domain / الحقل domain

10. تنميط الخلايا السرطانية لتوصيف تحت الانواع subtypes لنفس نوع الورم .