BLOSUM

مصفوفة القطاعات للحوامض الامينية التي تستعمل في عمليات صف البروتينات وايجاد التشابه بينها وذلك لان مصفوفات PAM توفر الفرصة لاصطفاف التواليات المتقاربة لذلك فعند بناء مصفوفة PAM فان الاستبدال المباشر المشاهد للحوامض الامينية هو في مصفوفة PAM1 والتي أعتمدت على مجموعة صغيرة نسبيا من التواليات المتقاربة بشدة، ولذلك في مثل هذه المصفوفات تكون الاختبارات الإحصائية لاصطفاف التواليات الأكثر تباعدا غير متاحة. ولأجل ذلك تم تطوير مجموعة جديدة من مصفوفات الاستبدال وهي مصفوفات القطاعاتBlocks Substitution Matrices) BLOSUM) المشتقة اعتمادا على المشاهدات المباشرة لكل إمكانية استبدال للحامض الاميني في عمليات اصطفاف التواليات المتعددة والتي استعمل فيها أكثر من 2000 نموذج من الأنماط الثابتة للحوامض الامينية وتمثل 500 مجموعة من التواليات البروتينية . هذه الأنماط تدعى القطاعات Blocks والتي يبلغ طولها اقل من 60 حامض أميني بدون فجوات ويحسب تكرار استبدال الحوامض الامينية في هذه القطاعات للحصول على جدول رقمي لمصفوفة استبدال القطاعات. وبدلا من استخدام دالة الاستقراء فان مصفوفات BLOSUM هي في الواقع تمثل نسب تطابق التواليات المختارة لبناء المصفوفات. فعلى سبيل المثال تشير المصفوفة BLOSUM 62 الى ان التواليات المستخدمة في بناء المصفوفة تشترك بتطابق معدله 62 %. وتم بناء مصفوفات أخرى اعتمادا على مجاميع من التواليات التي تختلف في مستويات تماثلها. ويلاحظ ان ترتيب الأرقام تصاعديا او تنازليا يكون معاكس لمصفوفات PAM فيشير رقم مصفوفة BLOSUM الواطئ الى درجة عالية من
التباعد بين التواليات.
وتشتق درجة مصفوفة BLOSUM الخاصة بزوج من الحوامض الامينية من نسبة لوغاريتم او تكرار استبدال للثمالة مقابل الاحتمالية المتوقعة للثمالة. والقيم الشاذة للوغاريتم Log- Odds تؤخذ للأساس 2 بدلا من الأساس 10 كما هو معمول به في مصفوفات PAM، وتقرب القيم الناتجة الى أقرب عدد صحيح وتدخل الى مصفوفة الاستبدال. وكما هو الحال مع مصفوفات PAM فان القيم الموجبة والسالبة تشير الى حدوث عمليات استبدال بتكرار أكثر او اقل من المتوقع أثناء عمليات التطوير ويوضح الشكل التالي قيم مصفوفة BLOSUM 62 المستعملة بكثرة في البايولوجي الجزيئي :

وفي برنامج BLAST الخاص بصف البروتينات BLASTp تكون المصفوفة الاعتيادية Default هي BLOSUM 62 ويمكن تغيرها او التلاعب بها اعتمادا على طول توالي البروتين او اعتبارات اخرى .

اخر الاخبار

اخبار العتبة العباسية المقدسة

قسم الإعلام يشارك في الاجتماع التحضيري لمناقشة الخطة الإعلامية لزيارة عاشوراء

بحضور متوليها الشرعي.. العتبة العباسية المقدسة تواصل إقامة المجالس الحسينية لإحياء شهر المحرم

قسم الشؤون الفكرية يطلق برنامجه التبليغي في أكثر من 20 دولة إفريقية

شعبتا الخطابة النسوية والتوجيه الديني تواصلان إقامة المجالس الحسينية في مرقد أبي الفضل العباس (عليه السلام)

المزيد

الآخبار الصحية

دراسة تكشف علاقة خطيرة بين عمر الأم وصحة مولودها

دراسة تحذر.. اضطراب نوم بسيط قد يسبب الموت المبكر ؟

الاستحمام بالماء الساخن.. راحة مؤقتة وأضرار دائمة للبشرة

ماذا يحدث للجسم عند تخطي وجبة الإفطار؟

المزيد

الآخبار التكنلوجية

كيف تساعد الصيانة الوقائية في الحفاظ على كفاءة التكييف في سيارتك ؟

في ظاهرة غريبة حيرت العلماء.. كوكبنا قد يسجل أقصر يوم في التاريخ هذا الصيف!

السد الصيني العملاق يعيق دوران الأرض ويغيّر شكلها ؟

السعودية تطلق 10 تجارب علمية إلى محطة الفضاء الدولية

المزيد

مواضيع ذات صلة

How AraC Protein Loops and Unloops

DNA Looping and Repression of araBAD

Binding Sites of the ara Regulatory Proteins

Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation and the Unfolded Protein Response

Protein Folding and Modifications in the Endoplasmic Reticulum

Protein Modifications

Regulating AraC Synthesis

Repression by AraC

Detection and Isolation of AraC Protein

Genetics of the Arabinose System

The Eukaryotic Genome

Nucleic Acids and Their Organization in Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes