النبات
مواضيع عامة في علم النبات
الجذور - السيقان - الأوراق
النباتات الوعائية واللاوعائية
البذور (مغطاة البذور - عاريات البذور)
الطحالب
النباتات الطبية
الحيوان
مواضيع عامة في علم الحيوان
علم التشريح
التنوع الإحيائي
البايلوجيا الخلوية
الأحياء المجهرية
البكتيريا
الفطريات
الطفيليات
الفايروسات
علم الأمراض
الاورام
الامراض الوراثية
الامراض المناعية
الامراض المدارية
اضطرابات الدورة الدموية
مواضيع عامة في علم الامراض
الحشرات
التقانة الإحيائية
مواضيع عامة في التقانة الإحيائية
التقنية الحيوية المكروبية
التقنية الحيوية والميكروبات
الفعاليات الحيوية
وراثة الاحياء المجهرية
تصنيف الاحياء المجهرية
الاحياء المجهرية في الطبيعة
أيض الاجهاد
التقنية الحيوية والبيئة
التقنية الحيوية والطب
التقنية الحيوية والزراعة
التقنية الحيوية والصناعة
التقنية الحيوية والطاقة
البحار والطحالب الصغيرة
عزل البروتين
هندسة الجينات
التقنية الحياتية النانوية
مفاهيم التقنية الحيوية النانوية
التراكيب النانوية والمجاهر المستخدمة في رؤيتها
تصنيع وتخليق المواد النانوية
تطبيقات التقنية النانوية والحيوية النانوية
الرقائق والمتحسسات الحيوية
المصفوفات المجهرية وحاسوب الدنا
اللقاحات
البيئة والتلوث
علم الأجنة
اعضاء التكاثر وتشكل الاعراس
الاخصاب
التشطر
العصيبة وتشكل الجسيدات
تشكل اللواحق الجنينية
تكون المعيدة وظهور الطبقات الجنينية
مقدمة لعلم الاجنة
الأحياء الجزيئي
مواضيع عامة في الاحياء الجزيئي
علم وظائف الأعضاء
الغدد
مواضيع عامة في الغدد
الغدد الصم و هرموناتها
الجسم تحت السريري
الغدة النخامية
الغدة الكظرية
الغدة التناسلية
الغدة الدرقية والجار الدرقية
الغدة البنكرياسية
الغدة الصنوبرية
مواضيع عامة في علم وظائف الاعضاء
الخلية الحيوانية
الجهاز العصبي
أعضاء الحس
الجهاز العضلي
السوائل الجسمية
الجهاز الدوري والليمف
الجهاز التنفسي
الجهاز الهضمي
الجهاز البولي
المضادات الحيوية
مواضيع عامة في المضادات الحيوية
مضادات البكتيريا
مضادات الفطريات
مضادات الطفيليات
مضادات الفايروسات
علم الخلية
الوراثة
الأحياء العامة
المناعة
التحليلات المرضية
الكيمياء الحيوية
مواضيع متنوعة أخرى
الانزيمات
Finding Clones from a Known Amino Acid Sequence
المؤلف:
Robert Schleif
المصدر:
Genetics and Molecular Biology
الجزء والصفحة:
2nd Edition , p297-298
2025-06-08
28
Sometimes the protein product of a gene is available in pure form. This happy circumstance can be used to facilitate cloning of the gene. Portions of the protein can be sequenced to determine a potential DNA sequence that could have encoded this portion of the protein. An oligonucleotide with this sequence can then be used to screen a collection of clones, which is called a library, to detect those containing complementary sequences. The screening is done as described in the previous chapter. Occasionally, a clone is found in the libraries which hybridizes to the screening oligonucleotide, but which is not the correct clone. This results from the chance occurrence of a sequence complementary to the probing oligonucleotide. These incorrect positives can be detected by screening with a second oligonucleotide that should hybridize to a different part of the gene encoding the protein in question. Only the desired clones should hybridize to both oligonucleotides.
The redundancy in the genetic code prevents simple reverse translation from an amino acid sequence to a DNA sequence. The difficulty caused by the redundancy can be partially overcome by using portions of the protein’s sequence containing amino acids whose codon redundancy is low. This is possible since both tryptophan and methionine have unique codons. Consider the sequence met-cys-his-trp-lys-met. Only one codon specifies an internal methionine, while the cysteine, histidine, and lysine are each specified by only two possible codons. Therefore one of only 1 × 2 × 2 × 1 × 2 × 1 = 8 sequences encoded the six amino acids (Fig. 1).
Fig1. Reverse translating to obtain the sequences that could have encoded a short peptide.
The eight necessary oligonucleotides can be synthesized simultaneously by machine by incorporating either of the two ambiguous nucleotides at the necessary positions. This is accomplished simply by supplying at the correct time a mixture of the two nucleotides to the synthesis solution.
Purification of the protein necessary for the oligonucleotide probing approach often is straightforward. Conventional purification need not be performed, however. Since all that is needed for the cloning is determination of portions of the amino acid sequence, purification and detection methods need not preserve the protein’s native structure. SDS gel electrophoresis, for example, can be used as a final step in the purification of the protein. The protein in the correct band in the gel can be eluted and a portion of its amino terminal sequence determined by gas phase and mass spectrometry. As little as 10-12 moles of protein are sufficient for determining enough of the sequence that oligonucleotide probes can be designed to identify clones carrying the gene.