كانت لجان الثبت التي انشأتها البابوية في القرن السادس عشر إحدى الوسائل غير المشروعة التي اتبعتها ضد من ترى في افكارهم وكتاباتهم خطراً على الروح المسيحية ونقاوتها. ومع ان مجمع ترانت لم يتخذ قراراً محدداً بهذا الشأن الا أن البابوية التي فرضت في سنة 1515 رقابة كاملة على جميع المطبوعات المتداولة في المناطق التابعة لها في ايطاليا قد الحقت هذه اللجنة بمحاكم التفتيش سنة 1534. فمارست رقابتها على المطبوعات بكل صرامة وشدة. وكانت مؤلفات مكيا فللي واراسم من ضمن المطبوعات المحرمة والموضوعة على جدول الكتب التي لا يسمح بتداولها او اعادة طبعها. وفي سنة 1559 وضع البابا بول الرابع اولى الفهارس في الكتب المتهرطقة ومن ضمنها مؤلفات لوثير وكالفن وزونغلي وغيرهم من المصلحين الدينيين. وظل البابوات بعد هذا التاريخ يضيفون اعدادا جديدة من الكتب المحرمة تظهر تباعاً الى الفهرس طيلة القرن السادس عشر.  وهكذا تحول الاصلاح الكاثوليكي الى مناهضة حركة النهضة. فقيدت المحاكم الدينية الحرية الدينية والعلمية والفلسفية وحرية النقد والنشر في المناطق الكاثوليكية مثل ايطاليا واسبانيا والبرتغال وبلجيكا. فحجبت عن هذه البلاد ليس حرية الكلمة فحسب، بل أيضاً العلوم والآداب والفنون التي أخذت تتطور في المناطق البروتستانتية التي كانت النهضة الأولى قد تأخر قيامها فيها.

وهكذا على الرغم من نشاط البابوية المتزايد في القرن السادس عشر لوقف التمدد والانتشار البروتستانتي الذي اجتاح اوروبا في تلك الحقبة، الا ان النجاح الذي اصابته الكاثوليكية من خلال تجديد مؤسسات الكنيسة ومواجهة التغيرات المستمرة التي عرفتها العصور الحديثة لم يثمر كثيرا. فظلت اوروبا تنقسم الى عالمين متنافرين أحدهما يضم اسبانيا والنمسا والآخر يضم معظم شعوب المانيا واسكندينافيا والجزر البريطانية عدا ايرلندا. بحيث ان الحروب الدينية الواسعة التي عرفتها اوروبا طيلة ثلاثين عاماً تقريباً لم تستطع وضع حد للانقسام الرهيب الذي اصابها. فظلت اوروبا تعيش حالة الاستعداد للحرب حتى منتصف القرن السابع عشر عندما اتخذ الصراع شكلاً سياسياً مغايراً.