يتجه مخزون الماء الجوفي في كثير من الدول الجافة وشبه الجافة إلى الانخفاض المستمر نتيجة الجور الاستهلاك الزراعي المسئول عن حوالي %80 من هذا الاستهلاك. وهذا يؤدي إلى تقليل جريان العيون، والتي ربما تكون ضرورية للتزود بالماء أو لحماية البيئات الرطبة، والإبقاء على جريان الأنهار خلال فترات الجفاف، كما أن استنزاف المياه الجوفية يؤدي إلى حرمان الأجيال القادمة من الاستفادة من هذا المورد الحيوي. عموما يقود الاستغلال المفرط للمياه الجوفية إلى العديد من المشاكل الاجتماعية والاقتصادية والبيئية متمثلة في الآتي:

 1- مشكلات مرتبطة بالعدالة الاجتماعية: تعد المياه الجوفية موردا يصعب تحديد الملكية القانونية له، وكثيرا ما ينظر إلى المياه الجوفية على أنها ملكية عامة، يستطيع مستخدموها الانتفاع بها بينما يعاني الآخرون من نتائج أفعالهم فهم مثلا يستطيعون أن يواصلوا سحب المياه بينما آثار تناقص الماء وتلوثه تعود على الآخرين. وعلى العكس ربما يحرمونهم من هذا المورد من خلال أفعال الآخرين. علاوة على ذلك فإنه من الصعب تحديد مسؤولية المتسبب في تدهور الخزان المائي ومن هو المتأثر بذلك، لذلك يكون من الصعوبة تطبيق مبدأ معاقبة المتسبب.[1]

2 تملح المياه الجوفية والتربة الزراعية: تحت الظروف العادية تنصرف مياه الخزانات الساحلية العذبة إلى البحر، ولكن في المناطق التي تتعرض إلى الاستغلال المفرط للمياه الجوفية في الزراعة والأغراض المنزلية والصناعية يهبط منسوب الماء العذب مما يؤدي إلى تحرك مياه البحر المالحة باتجاه اليابسة واختلاطها بالمياه العذبة، كما هو حاصل مع الساحل الليبي والسعودي. إن تملح المياه يعني بالضرورة عدم صلاحيتها للاستعمالات البشرية المتعددة في الصناعة والشرب وإذا استعملت في الزراعة فإنها تؤدي إلى تملح التربة وبوار الأرض ولو بعد حين.

 3- تجفيف الأراضي الرطبة: يؤدي انخفاض منسوب الماء الجوفي إلى تجفيف المناطق الرطبة كالمستنقعات التي تمثل واحدة من الأنظمة البيئية التي تقوم بعدد من الوظائف البيئية الهامة. فهي تشكل بيئة مناسبة لتوالد وعيش الكثير من أنواع الحيوانات والنباتات والطيور والحشرات ، وبيئة محافظة على التوازن الحراري والرطوبي في الجو، كما تؤدي خدمات أخرى في مجالات السياحة والترفيه.