اما اهم عيوبها فتتمثل فيما يلي:

1- قلة مرونتها نتيجة لارتباطها بالحركة على المسطح المائي وبين الموانئ، وبالتالي عدم قدرتها على خدمة المناطق الوسطى أي المناطق التي تقع بين الموانئ.

2- حاجتها إلى وسائل النقل الأخرى في الخدمة والمساعدة لجلب السلع والبضائع من مكان المنشأ إلى الميناء ومنه إلى مكان المقصد.

3- البطء الذي يلازم هذه الوسيلة والذي جعلها تستخدم في نقل المواد التي لا تتعرض للتلف أو الفساد .