مخاطر ومعوقات الإدارة الإستراتيجي 

(1) استنزاف الوقت .

(2) ضعف الالتزام بالتنفيذ .

3) الإحباط الناتج عن عدم تحقيق الأداء أو النتائج المرغوبة. 

(4) تعدد أهداف المنظمات الحكومية، بالإضافة إلى عدم تحديدها بشكل واضح ودقيق وجمودها وعدم تطويرها من وقت لآخر، للاستجابة إلى التغيرات في البيئة الخارجية .

(5) الاهتمام بالأهداف قصيرة الأجل أكثر من الاهتمام بالأهداف طويلة الأجل .

(6) نقص الكفاءات الإدارية المحترفة التي تمتلك القدرة على التفكير الاستراتيجي ؛ مما يؤثر سلباً على تحليل البيانات التي تم جمعها عن المتغيرات في كل من البيئة الخارجية المحيطة بالمنظمة والبيئة الداخلية.

(7) قيام المشرع بوضع رسالة وأهداف واستراتيجيات المنظمة الحكومية وبالتالي انحصار دور الإدارة في عملية التنفيذ والتطبيق.

(8) وجود الهيكل التنظيمي البيروقراطي، قد يصعب انتقال المعلومات من المستويات الدنيا إلى الإدارة العليا.

(9) قلة الموارد المتاحة للمنظمات لما يتطلبه تنفيذ الاستراتيجية، كالنقص في القدرات المالية المتاحة في المنظمة ؛ مما يؤدي إلى عدم قدرتها على تنفيذ البدائل التي تم اختيارها في مرحلة الصياغة .

 (10) وجود الصراع أو التعارض في مصالح الأفراد أو الإدارات وتنافسها على الموارد المحدودة.

(11) ثقافة المنظمة قد تصبح عدوانية تجاه الاستراتيجيات الجديدة ؛ لرغبتها الإبقاء على الوضع الحالي . شيوع النمط الإداري على النمط القيادي في المنظمات الحكومية ؛ مما يؤثر سلباً على تنفيذ الاستراتيجية، فالإداري يركز على إنجاز العمل وفق آلية محددة، أما القائد فهو يتجه نحو التأثير على أفراد المنظمة من خلال تحفيزهم وإقناعهم بأهمية تركيز الجهود وتوجيه الموارد بما يمكن من تنفيذ الخطط الاستراتيجية التي تم إعدادها. 

(12) صعوبة وضع مقاييس كمية لقياس الأهداف في المنظمات الحكومية ؛ نظراً لطبيعة أهدافها النوعية.
(13) تركيز العمليات الرقابية على المدخلات بدلاً من الاهتمام بنفس الاتجاه على المخرجات ؛ لسهولة قياس المدخلات مقارنةً بالمخرجات .

(14) صعوبة قياس نتائج بعض السياسات نتيجة عدم إمكانية تطبيق بعض المعايير الكمية والاقتصادية على بعض الخدمات المقدمة من هذه الأجهزة.

(15) صعوبة الحصول على المعلومات الصحيحة والدقيقة من مصادرها أو الأجهزة الإدارية المتوفرة لديها .

(16) ضعف أو عدم وجود علاقة بين المكافآت والعقوبات وبين الأداء ؛ مما يجعل من الصعوبة بمكان تصميم نظام كفء للتغذية العكسية يتصف بالموضوعية، وبالتالي استناد التقويم إلى الحكم الشخصي .